Erstmals wurde die Gemeinde im Jahr 802 urkundlich erwähnt. Sämtliche Erwähnungen aus dieser Zeit können jedoch nicht zweifelsfrei einem bestimmten Siedlungsort zugeordnet werden. Die zusätzliche Ortsbezeichnung „Marke" zum Namensstamm Vippach ist in einer erhaltenen Urkunde aus dem Jahr 1221 nachweisbar. Eine Deutung des Namens erklärt ihn verstümmelnd aus Sanct-Margarethenvitpeche, woraus dann Martvippeche wurde. Im Rechts- und Sachinhalt einer Urkunde des Ernestinischen Gesamtarchivs wird unter Urkunden-Nr. 4311 ein villicus Albertus de Marctvipeche als landgräflicher Richter genannt.
Markvippach wuchs aus einem Ober- und einem Unterdorf zusammen. Der Ort war zeitweise der Sitz der Herren von Schloßvippach, neben diesen hatten auch die Vitzthume von Eckstedt hier ein Rittergut. Die zwei Rittergüter wurden später vereinigt.
Erstmals 1387 erwähnt wurde eine mittelalterliche, von einem Graben umgebene Herrenburg. Sie wurde dann um 1620 umgebaut. Schräg gegenüber des alten Schloss (der „Wasserburg" ) errichtete man nach einem Brand des Vorgängerbaues 1812 ein Neues Schloss, dessen Torfahrt und überdachter Durchgang stammten noch aus dem Jahr 1780.
Während des Zweiten Weltkrieges mussten 95 Frauen und Männer aus Polen, Jugoslawien, Russland und der Ukraine in der Landwirtschaft Zwangsarbeit verrichten. Markvippach lag ab Juli 1945 in der SBZ, später der DDR, und machte entsprechend alle gesellschaftlichen Veränderungen mit, die sich daraus ergaben. In beiden Schlössern wurden Flüchtlingsfamilien aus den Ostgebieten untergebracht. Danach wurde auf der Grundlage des Befehls 209 der SMAD das Neue Schloss abgerissen. Auf dem Gelände befindet sich seither das kulturelle Zentrum des Ortes. In das Alte Schloss (Wasserburg) zog die LPG ein, welche die Räume teilweise als Ställe nutzte.
Nach der Wiedervereinigung wurden die ältesten Gebäude des Dorfes, die evangelische Pfarrkirche Sankt Andreas sowie das Alte Schloss - vor dem Verfall gerettet. Die um 1500 errichtete und 1992 baupolizeilich gesperrte Kirche wird nach jahrelanger Restaurierung wieder für Gottesdienste verwendet.
Im Alten Schloss der „Wasserburg“, das seit 1992 wiederhergestellt worden ist, befindet sich seitdem ein mittelalterliches Restaurant, das viele nationale und internationale Gäste aus Politik und Wirtschaft begrüßen konnte.
Anfang 2014 erwarb Frau Marion Krauße vom Vorbesitzer, Herrn Dix - Architekt aus Gebesee, die Wasserburg. Nach umfassenden Sanierungsarbeiten und der grundsätzlichen Erneuerung des Gartens, welcher für Gäste im Jahr 2014 nicht zugänglich gewesen war, steht heute die Wasserburg in Ihrer vollen Pracht und Schönheit den Gästen als Veranstaltungsort zur Verfügung. Alle baulichen Maßnahmen, welche zum Erhalt, Verschönerung und zur Verwirklichung der amtlichen Auflagen (z.B. Brandschutz / Denkmalschutz / StVo usw.) erbracht wurden, sind ohne finanzielle Hilfen der öffentlichen Hand und ausschließlich aus privaten Mitteln finanziert.
Sehe Sie in der Bildergalerie die Entwicklung von 2014 bis Heute.